Tugas utama LPM IAIN Manado adalah mengkoordinasikan, mengendalikan, mengaudit, memantau, menilai dan mengembangkan mutu penyelenggaraan kegiatan akademik.
adapun Fungsi LPM IAIN Manado adalah :
- Pelaksanaan penyusunan rencana, evaluasi program dan anggaran, serta pelaporan.
- Pelaksanaan pengembangan standar mutu.
- Pelaksanaan audit, pemantauan, dan penilaian mutu akademik.
- Pelaksanaan administrasi lembaga.